S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky se odehrává v roce 2011, jeden rok před událostmi z
originální S.T.A.L.K.E.R. hry.
Skupina stalkerů, poprvé, dosáhla samotného srdce Zóny - Černobylské jaderné
elektrárny - a zažehli počáteční jiskru blížící se katastrofy. Ohromný výbuch
anomální energie přetvořil Zónu: spolehlivé a bezpečné stezky jsou minulostí,
krajina je zamořená novými anomáliemi, a předešlé neznámé lokace se stali
dostupnými. Většina stalkerů a expedic zahynuli nebo zůstali izolovány ve
ztracených místech.
Díky abnormální činnosti na maximu, nestabilní Zóna pokračuje s neobvyklou
aktivitou. Proměna mapy Zóny narušila křehkou rovnováhu frakcí v Zóně.
Nepřátelé pro nové území, oblasti a pole artefaktů ovlivňují sílu skupin. Již
zde nejsou žádní staří nepřátelé nebo přátelé - nyní se každý stará jen sám o
sebe. Válka frakcí začala.
Hlavním představitelem je mecenáš, který se oběvil na okraji války mezi
frakcemi stalkerů, Střelcem a Zóny samotné. Hlavní postava zažije udalosti,
které vedly ke vzniku Zóny tak jak ji známe z originální S.T.A.L.K.E.R. hry.
Jaké nové problémy očekávají stalkery v hlouby nové Zóny? Proč výbuchy emisí v
Zóně stále pokračují, a co musí být uděláno k jejich zastavení? Která frakce
bude mít navrch ve válce frakcí? Tyto a další otázky budou zodpovězeny v
oficiálním prequelu - S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky.