S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky utspelar sig år 2011, ett år före händelserna i det
ursprungliga S.T.A.L.K.E.R.- spelet.
En grupp stalkers har för första gången nått kärnkraftverket i Tjernobyl, som
ligger i själva hjärtat av Zonen, och utlöser där en händelse som gränsar till
katastrof. En enorm explosion av anomal energi förvandlar Zonen. De en gång så
pålitliga och relativt säkra vägarna är inte det längre, landskapet suddas ut
av anomalier och tidigare okända områden visas på kartan över Zonen. Stalkers
och expeditioner går under eller blir isolerade i de försvunna territorierna.
Med den anomala aktiviteten på max fortsätter den instabila Zonen att skakas
av utbrott. Förvandlingen av Zonens karta destabiliserar styrkornas sköra
balans i Zonen. En fientlig inställning mot nya territorier, föremålsfält och
inflytandesfärer flammar upp bland grupper. Det finns inga fler gamla fiender
eller vänner – nu passar alla bara sig själva. Kriget mellan fraktionerna har
börjat.
Huvudpersonen är en legosoldat som uppträdde i utkanten av motståndet mellan
stalker-fraktioner, Strelok och själva Zonen. Huvudfiguren upplever
nyckelrollen i de händelser som ledde fram till Zonens skapelse ända fram till
den punkt där det ursprungliga S.T.A.L.K.E.R.- spelet börjar.
Vilka nya utmaningar väntar våra stalkers djupt inne i den nya Zonen? Varför
fortsätter anomala explosioner att skaka Zonen, och vad kan göras för att
stoppa dem? Vilken fraktion får överhanden i kriget mellan fraktionerna? De
här och många andra frågor besvaras i den officiella uppföljaren som ligger
före i tid – S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky.